いままで気づかなかったのですが、さくらインターネットのスタンダード、プレミアムがMySQL5に対応したようです。 このサイトもさくらのスタンダードで運用しているわけですが、MySQL5にするには一旦DBを削除する必要がある事と、一部使用しているコンポーネントがMySQL5に対応していない事もあり、まだしばらく様子見です。というか、さくらがMySQL5に対応すると思っていなかったので、Xserverを借りちゃったんだよね。どうすべ。
MySQL5の導入により、エクステンションをインストールしたけど動かない、そもそもインストールさえできない、というトラブルがだいぶ減りそうですね。